この記事はインボイス制度への2026年時点での対応状況と残課題・会計ソフト設定に特化しています。freeeとマネーフォワードの機能比較全般は → freee vs マネーフォワード 中小企業はどっちを選ぶ をご覧ください。電帳法との関連は → 電帳法2026 中小企業の対応方法 をご覧ください。
インボイス制度 2026年対応チェックリスト
| 確認項目 | チェック内容 | 未対応の場合のリスク |
|---|---|---|
| ①自社の登録番号 | T+13桁の登録番号を取得・発行済みか | 請求書がインボイスとして無効になる |
| ②請求書の記載項目 | 6必須項目が含まれているか | 取引先が仕入税額控除を適用できない |
| ③取引先の登録状況 | 主要仕入先・外注先がインボイス登録しているか | 仕入税額控除が不可（2026年10月〜） |
| ④会計ソフトの設定 | freee/MFで登録番号・消費税設定が正しいか | 消費税申告誤りのリスク |
| ⑤消費税申告方式 | 本則課税・簡易課税の選択が最適化されているか | 納税額が増大するリスク |
①②はほとんどの企業が対応済み。2026年に最も要注意なのは「③取引先（特にフリーランス）への経過措置終了対応」だ。
インボイス制度の現状（2026年時点）
インボイス制度（適格請求書等保存方式）は2023年10月から開始された。2026年時点で制度開始から約2年半が経過し、「制度の仕組みを理解したが対応が完全ではない」「取引先との関係が変わった」という中小企業が多い。
2026年時点の主な状況：
| 項目 | 2023年開始時 | 2026年現在 |
|---|---|---|
| 免税事業者との取引 | 80%経過措置（仮称）適用 | 経過措置が縮小・撤廃 |
| 適格請求書の発行 | 対応中の企業が多い | 多くの企業が対応済み |
| 小規模事業者との取引 | 混乱が多い | 関係の整理が進む |
| 会計ソフトの対応 | 対応開始 | 多くのソフトが完全対応 |
2026年に確認すべき3つのポイント
①免税事業者との取引の仕入税額控除
インボイスを発行できない免税事業者（年間課税売上1,000万円以下で未登録の業者）との取引では、仕入税額控除が段階的に縮小・廃止されている。
2026年時点の経過措置：
- 2026年9月末まで：免税事業者への支払いの50%を仕入税額控除可能
- 2026年10月以降：経過措置終了・仕入税額控除は原則不可
対応： フリーランス・個人事業主・小規模業者との取引がある場合は、インボイス登録番号を確認する。未登録の場合は「消費税を請求するか・登録するか」の確認が必要になる。
②自社の適格請求書（インボイス）の発行体制
自社が発行する請求書にインボイス（適格請求書）として必要な記載事項が含まれているか確認する。
適格請求書の必須記載事項：
□ 適格請求書発行事業者の登録番号（T+13桁の数字）
□ 取引年月日
□ 取引内容（軽減税率の対象品目は8%と記載）
□ 税率ごとに区分した合計額
□ 消費税額等
□ 書類の交付を受ける事業者の名称
③会計ソフトの消費税設定の確認
freee・マネーフォワードは消費税の計算・申告に対応しているが、設定が正しいか確認する。特に「簡易課税制度」を選んでいる場合の設定が重要。
freeeでのインボイス対応設定方法
①適格請求書発行事業者の登録番号を設定する
- freeeにログイン → 「事業所の設定」 → 「消費税」
- 「適格請求書発行事業者登録番号」を入力する
- 保存する
②請求書テンプレートに登録番号を表示する
- freeeの「請求書」→「設定」→「テンプレート」
- 「インボイス対応テンプレート」を選択または設定
- 発行する請求書に登録番号・税率・消費税額が自動表示される
③仕入先のインボイス対応確認
- freeeの「仕入先・外注先」一覧で各取引先のインボイス登録番号を登録する
- 登録番号がない取引先は「免税事業者」として区分して管理する
- 仕入税額控除の計算が自動的に切り替わる
マネーフォワードクラウドでのインボイス対応設定方法
①適格請求書発行事業者の登録番号を設定する
- マネーフォワードクラウド請求書にログイン
- 「企業設定」→「インボイス設定」
- 登録番号を入力して保存
②請求書への自動表示設定
マネーフォワードクラウド請求書は、登録番号を設定すると発行する全請求書に自動で表示される。税率ごとの内訳・消費税額も自動計算。
③取引先管理での対応
「取引先」マスタで各取引先の「インボイス登録番号」を登録。インポート機能を使えば、国税庁の「適格請求書発行事業者公表サイト」からCSV取得して一括登録できる。
免税事業者（個人・フリーランス）との取引
中小企業が外注・業務委託するフリーランスや個人事業主がインボイス未登録の場合の対応。
選択肢と影響：
| 対応 | 概要 | 影響 |
|---|---|---|
| 相手方に登録を依頼する | 免税事業者に課税事業者への変更・登録を依頼 | 相手の負担増（税額分の消費税を払う義務が発生） |
| 消費税を支払わない | 消費税部分を支払わない契約に変更 | 相手の実質収入が減る |
| 影響を自社が吸収する | 仕入税額控除できない分を自社コスト増として扱う | 自社の税負担が増える |
| 取引先を変更する | インボイス登録済みの業者に切り替える | 関係変化のリスク |
実際的な対応：
長年付き合いのあるフリーランスとの取引については、経過措置が終了した後も関係を維持するために「消費税控除できない分の一部負担」を双方で協議するケースが多い。
消費税の申告方法の選択（簡易課税・本則課税）
インボイス制度対応と合わせて「消費税の計算方法」も見直す必要がある。
| 方式 | 概要 | 向いているケース |
|---|---|---|
| 本則課税 | 売上の消費税 – 仕入れの消費税 = 納税額 | 仕入・外注費が多い業種 |
| 簡易課税 | 売上の消費税 × （1 – みなし仕入率） | 仕入れが少ない業種（サービス業等） |
みなし仕入率の例：
- 第1種（卸売業）：90%
- 第2種（小売業）：80%
- 第4種（物流・飲食等）：60%
- 第5種（サービス業）：50%
物流業の場合、第4種（みなし仕入率60%）が適用されるケースが多い。本則課税・簡易課税どちらが有利かは年間の仕入・外注費の比率による。判断は税理士に相談することをすすめる。
インボイス未対応・誤記載のリスクとペナルティ
自社が未対応（登録番号なし）の場合
自社がインボイスを発行できない場合、取引先は仕入税額控除ができない。売り手（自社）が課税事業者から仕入れているB2B取引では、インボイスが発行できないと取引先のコスト増になるため、取引継続の打診が来るケースもある。
請求書に誤記載があった場合
| 問題 | リスク | 対処方法 |
|---|---|---|
| 登録番号の誤記 | 取引先の仕入税額控除が否認される | 修正インボイスを発行して再送付 |
| 消費税額の計算誤り | 過少申告・過大申告でペナルティ | 修正申告・更正の請求 |
| 税率の誤記（8%/10%の混同） | 申告誤りのリスク | 修正インボイス発行 |
「誤記したまま申告→税務調査で否認」というリスクを防ぐために、freee・マネーフォワードの自動計算機能を活用する。 手入力の請求書ではなく会計ソフトのテンプレートから発行することで、ほとんどの誤記リスクを回避できる。
2026年10月以降の注意点
2026年10月に免税事業者との取引に関する経過措置が終了する。フリーランス・個人事業主への外注費について、今のうちに取引先のインボイス登録状況リストを整理しておく。
国税庁「適格請求書発行事業者公表サイト」の活用方法
取引先のインボイス登録番号が正しいかどうか、登録されているかどうかを確認できる無料ツール。
使い方：
- 国税庁「適格請求書発行事業者公表サイト」にアクセス
- 登録番号（T+13桁）または法人名・屋号で検索
- 登録状況・登録日・住所が表示される
CSV一括確認：
- マネーフォワードクラウド請求書は、公表サイトからCSVをダウンロードして取引先マスタに一括インポートできる
- freeeも「取引先」マスタでインボイス登録番号を一括登録する機能あり
確認するタイミング：
- 新しいフリーランス・業者に発注するとき
- 請求書に見慣れない業者名があるとき
- 年次の消費税申告前（取引先リストの棚卸し）
よくある質問（FAQ）
Q. インボイス登録番号を取得していない場合、今からでも申請できますか？
A. できます。国税庁の「適格請求書発行事業者の登録申請」は随時受け付けています。ただし登録番号が発行されるまで1〜3ヶ月かかります。e-Tax（電子申請）または税務署窓口で申請できます。
Q. 小規模事業者の特例で消費税免除になりますか？
A. 2023〜2026年の経過措置として「2割特例」がありましたが、適用期間を確認してください。2026年10月以降は経過措置が終了するため、税理士に最新情報を確認してください。
Q. freeeとマネーフォワード、インボイス対応はどちらが優れていますか？
A. どちらも対応済みです。既に使用しているソフトをそのまま使うことをすすめます。新規導入の場合は、電帳法対応・スマートフォン対応・サポート体制で比較してください。
Q. インボイス登録番号が誤記されていた請求書を受け取った場合、どうすればいいですか？
A. 発行者（取引先）に「修正インボイス」の発行を依頼してください。誤記のある請求書は適格請求書として認められないため、仕入税額控除の根拠書類にできません。修正インボイスを受け取るまで控除を適用しないことをすすめます。freeeやマネーフォワードは、受け取った請求書の登録番号を国税庁公表サイトでチェックする機能があります。
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まとめ
2026年のインボイス対応で確認すべき3点：
- 免税事業者との取引：経過措置終了後の仕入税額控除の対応を決める
- 自社発行の請求書：登録番号・税率・消費税額の表示を確認する
- freee・マネーフォワードの設定：取引先のインボイス番号を登録する
インボイス制度は「理解はしたけど、細かい部分が対応できているか不安」という中小企業が多い。会計ソフトの機能を最大限活用することで、自動化・省力化が実現できる。
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本記事の情報は2026年5月時点のものです。税法の解釈・経過措置の詳細は税理士にご確認ください。
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静岡県で倉庫会社を経営しています。年商4億円・従業員30名・創業55年のザ・中小企業です。
大学はアメリカ（カリフォルニア州立大学ノースリッジ校）で運動生理学を専攻して2009年卒業。卒業後は外資系医療機器メーカーで営業職として働いていましたが、14年前に家業に入社。課長・部長・専務取締役を経て、2年前に社長に就任しました。
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コンサルでも研究者でもない「普通の中小企業の社長がAIを使ってみたリアル」を発信しています。
モットーは「人生を最大限楽しむ」。好きな言葉は「生きてるだけで丸儲け」。
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