「補助金申請って自分でできる？代行に頼むべき？」
「代行を使うと費用はどのくらいかかるの？」
「初めての補助金申請で失敗したくない」
補助金申請を「自分でやるか・代行に任せるか」は、多くの中小企業経営者が迷うポイントです。私は静岡で倉庫会社を経営しており、融資・補助金向けの事業計画書は税理士のチェックを受けずに自作してきました。その経験から、自分でやる場合の手間と代行費用を突き合わせて比較します。
この記事では、補助金申請の自分申請 vs 代行のどちらが得かを、具体的な費用・採択率・手間の観点から比較します。
この記事でわかること
補助金申請を自分でやる場合
自分で申請できる補助金の種類
比較的自分で申請しやすい補助金：
自分での申請が難しい補助金：
自分で申請する場合の作業時間
ものづくり補助金クラスの補助金を自分で申請する場合の作業時間の目安：
| 作業内容 | 所要時間 |
|---|---|
| 公募要領の読み込み・理解 | 4〜6時間 |
| gBizIDプライムの取得 | 1時間（書類準備含む） |
| 事業計画書の作成 | 10〜15時間 |
| 添付書類の準備 | 2〜3時間 |
| 電子申請の入力 | 2〜3時間 |
| **合計** | **19〜28時間** |
経営者の時給を1万円と換算すれば、自分申請の「機会費用」は約20〜30万円になります。
自分申請のメリット
メリット①：代行費用がかからない
代行費用（成功報酬型で補助金額の10〜20%）が不要です。補助金100万円なら10〜20万円の節約になります。
メリット②：自社の強みを最も深く理解できる
申請書を自分で書くことで、「自社の強み・課題・方向性」を改めて整理できます。経営計画の見直しになるという副次効果があります。
メリット③：補助金申請のノウハウが身につく
1回自分で申請すると、次回以降の申請が格段に楽になります。継続的に補助金を活用する予定があるなら、最初の1回は自分でやる価値があります。
自分申請のデメリット
デメリット①：時間がかかる・経営に集中できない
補助金申請の作業に20〜30時間を割かれる間、本業に充てる時間が減ります。
デメリット②：不採択リスクが高い
申請書の書き方に不慣れな場合、同じ設備・事業計画でも採択されにくくなります。
デメリット③：公募要領の読み間違い
補助金の要件・禁止事項を読み間違えて、対象外の費用を計上してしまうミスが起きることがあります。
補助金代行サービスとは
補助金代行サービス（補助金申請代行）は、中小企業診断士・税理士・行政書士などの専門家が補助金申請を代行・サポートするサービスです。
代行サービスの費用相場
| 料金体系 | 費用の目安 |
|---|---|
| 成功報酬型 | 補助金採択額の10〜20% |
| 着手金+成功報酬型 | 着手金3〜10万円 + 成功報酬10〜15% |
| 固定費型 | 20〜50万円（採択・不採択問わず） |
例：IT導入補助金（補助額100万円）を代行した場合
補助金額が大きいほど代行費用も大きくなります。
代行サービスを使う場合の採択率
「代行を使えば採択率が何%上がる」という公的な統計はありません。ただし、数値計画の根拠づけや審査項目への対応など、申請書の質が採否を左右する補助金では、書き慣れた専門家が関与することで書類の完成度が上がりやすいのは確かです。判断するときは、業者が謳う採択率を鵜呑みにせず、後述の計算式に自分なりの仮定を置いて期待値で比べてください。
自分申請 vs 代行：費用対効果の比較
ケース①：IT導入補助金（補助額100万円）
| 自分申請 | 代行（成功報酬15%） | |
|---|---|---|
| 補助金額 | 100万円 | 100万円 |
| 代行費用 | 0 | -15万円 |
| 自分の作業時間 | 20時間 | 2〜3時間 |
| 機会費用（時給1万円） | -20万円 | -2〜3万円 |
| **実質メリット** | **80万円** | **82〜83万円** |
この場合、代行の方がわずかに有利（時間節約効果が大きい）。
ケース②：ものづくり補助金（補助額500万円）
採択率は「自分申請50%・代行65%」と仮置きした試算です。
| 自分申請（採択率50%と仮定） | 代行（採択率65%と仮定） | |
|---|---|---|
| 期待補助金額 | 250万円（50%の確率） | 325万円（65%の確率） |
| 代行費用（15%） | 0 | -75万円（採択時） |
| 自分の作業時間 | 30〜40時間 | 5〜10時間 |
| 機会費用 | -30〜40万円 | -5〜10万円 |
| **実質期待メリット** | **210〜220万円** | **240〜250万円** |
補助金額が大きくなるほど、代行の方が期待値が高くなります。
補助金の種類別・難易度一覧と費用対効果の計算式
補助金ごとに「自分でできるか」の難易度は大きく異なります。主要4制度の目安を一覧にまとめました。
| 補助金 | 難易度 | 区分 | 理由 | 自分で申請する時間目安 |
|---|---|---|---|---|
| IT導入補助金 | ★★☆ | 自分でできる | IT導入支援事業者がサポート。計画書も比較的シンプル | 約6〜10時間 |
| 小規模事業者持続化補助金 | ★★☆ | 自分でできる | 商工会議所・商工会が無料で相談対応 | 約10〜15時間 |
| ものづくり補助金 | ★★★ | 代行推奨 | 事業計画書が10〜30ページ。数値計画の根拠づけが複雑 | 20〜30時間 |
| 事業再構築補助金 | ★★★ | 代行推奨（実質必須） | 認定支援機関の関与が要件。5年間の詳細な事業計画が必要 | 一人では完結できない |
外注費用が「割に合うか」は、次の計算式で判断します。
（自分申請の採択率 × 補助金額）vs（外注時の採択率 × 補助金額 − 外注費用）
試算例：ものづくり補助金1,000万円（採択率は自分40%・外注60%と仮置き）
| シナリオ | 期待される補助額 | 外注費 | 期待収支 |
|---|---|---|---|
| 自分で申請 | 400万円 | 0円 | +400万円 |
| 専門家に外注 | 600万円 | 60万円 | +540万円 |
この仮定なら外注のほうが期待収支は高くなります。ポイントは、自分申請の採択率を低めに見積もることと、自分の時間コスト（作業時間×時給換算）も式に入れることです。
なお、外注を決める前に無料の相談窓口を必ず活用してください。商工会議所・商工会、よろず支援拠点、中小企業基盤整備機構、各都道府県の産業支援センターは無料で相談でき、アドバイスだけで計画書の質が大きく上がることがあります。
どちらを選ぶべきかの判断基準
自分申請が向いているケース
代行が向いているケース
代行に頼む場合の料金相場と業者の選び方
代行に任せると決めたら、次の問題は「いくら払うのか」「誰に頼むのか」です。補助金申請代行は業者が急増していて、実績のある専門家と、着手金だけ受け取って質の低い申請書を出す悪徳業者が混在しています。相場観と見分け方をここで押さえてください。
料金相場：基本は「着手金＋成功報酬」の構造
補助金申請代行の料金体系は、大きく3つに分かれます。
| 料金体系 | 2026年時点の目安 | 特徴 |
|---|---|---|
| 着手金＋成功報酬型 | 着手金5〜20万円 + 採択額の10〜15% | 最も一般的。不採択でも着手金は返金されないのが通例 |
| 完全成功報酬型 | 採択額の15〜25% | 着手金ゼロの分、報酬率は高め。不採択時の負担なし |
| 固定報酬型 | 定額（採択・不採択問わず） | 採択保証がないためリスクが大きい |
→ 参考：補助金申請代行の費用相場【2026年最新】（AI導入補助金ナビ）
特に注意したいのは着手金＋成功報酬型で不採択になったケースです。着手金は返ってこないのが一般的なので、契約前に「不採択の場合の費用負担」を必ず書面で確認してください。
依頼先の種類と費用感
「業者」といっても中身はさまざまです。依頼先ごとの費用感と特徴を整理します。
| 依頼先 | 費用感 | 特徴 |
|---|---|---|
| 商工会議所・商工会 | 無料〜低額 | 持続化補助金の申請サポートと「事業支援計画書」の発行。まず相談すべき窓口 |
| 顧問税理士（認定支援機関の場合） | 顧問料内〜別途報酬 | ものづくり補助金等で必要な「確認書」も依頼できる。最初に現在の税理士に確認を |
| 中小企業診断士 | 着手金＋成功報酬が中心 | 事業計画書の作り込みに強い |
| 民間の補助金コンサル | 成功報酬型が中心 | 実績の幅が大きく玉石混交。後述の5チェックが必須 |
| IT導入支援事業者 | 多くは別途報酬なし | IT導入補助金はツール導入と一体でサポートされる |
なお、ものづくり補助金・事業再構築補助金は、国が認定した認定経営革新等支援機関（認定支援機関）の「確認書」が要件になっているため、実質的に認定支援機関の関与が必須です。
【重要】2026年1月の行政書士法改正：無資格の有償書類作成は違法に
業者選びの前提が2026年に変わりました。2025年6月に成立した改正行政書士法（令和7年法律第65号）が2026年1月に施行され、行政書士・行政書士法人でない者が報酬を得て官公署に提出する書類（補助金の申請書類を含む）を作成することが、名目を問わず明確に禁止されました。「コンサル料」「サポート料」「会費」といった名目でも報酬とみなされます。→ 参考：行政書士法改正2026｜補助金申請の代行はどこから違反？（経営革新等支援機関推進協議会）
依頼する企業側にも無関係な話ではありません。無資格業者に書類作成を丸投げしていた場合、採択取消や補助金返還につながるリスクが指摘されています。契約前に「誰が・どの資格で・どこまで関与するのか」を確認することが、これまで以上に重要になりました。
悪徳業者を見抜く5つのチェックポイント
契約前に、次の5点を確認してください。
チェック①：採択実績を具体的な数字で示せるか
「採択率90%以上」と言うだけの業者は要注意です。過去1年の採択件数・対象補助金の種類・自社に近い業種の事例を、具体的な数字で示してもらいます。裏付けを出せない業者は避けます。
チェック②：認定支援機関か・資格者が関与しているか
認定支援機関かどうかは、中小企業庁の「認定経営革新等支援機関検索システム」で業者名を検索すれば確認できます。あわせて、書類作成に行政書士等の資格者が関与しているかも確認します（前述の法改正への対応）。
チェック③：不採択時の費用負担が書面で明確か
成功報酬型を名乗りながら「不採択でも着手金は返金しない」という業者は、採択の成否に関わらず利益が出る構造です。契約書で不採択時の費用負担を明確にしてから契約します。
チェック④：採択後の実績報告まで伴走してくれるか
補助金は採択されて終わりではなく、交付申請・実績報告を経て初めて入金されます。申請書の作成だけで手離れする業者だと、実績報告が不完全で補助金を受け取れないトラブルが起きます。採択後のサポート範囲を確認してください。
チェック⑤：口コミ・紹介元があるか
取引先・商工会議所・税理士からの紹介があれば信頼性は高くなります。ネット広告だけで集客している業者は、①の実績確認を特に厳しくやってください。
悪徳業者の典型的な手口
上の5チェックで引っかかる業者がやりがちな手口も知っておくと、判断が速くなります。
なお、費用をかける前に、前述の商工会議所・よろず支援拠点の無料相談をまず使ってください。持続化補助金であれば、商工会議所・商工会が無料で申請サポートと事業支援計画書の発行までやってくれます。
よくある質問（FAQ）
Q. 補助金申請を代行してもらうと違法になりますか？
A. 代行サービスの利用自体は違法ではありません。ただし2026年1月施行の改正行政書士法により、行政書士でない者が報酬を得て補助金の申請書類を作成することは、名目を問わず明確に禁止されました。書類作成まで任せるなら行政書士（行政書士法人）が関与するサービスを選び、中小企業診断士・税理士等には計画策定の支援・助言という形で依頼するのが安全です。
Q. 代行を使っても自分で作業することはありますか？
A. 代行業者によって異なりますが、多くの場合「自社の情報提供・現状ヒアリング」「gBizIDプライムの取得」「書類への捺印・署名」は自社でやる必要があります。
Q. 代行費用は経費に計上できますか？
A. 補助金の申請に関わる専門家への報酬は「外注費」または「専門家費用」として経費計上できます。
Q. ものづくり補助金は認定支援機関なしで申請できますか？
A. 認定支援機関の「確認書」が必要な補助金（ものづくり補助金・事業再構築補助金等）は、認定支援機関なしでは申請できません。まず顧問税理士か商工会議所に相談してください。
まとめ：初回は代行、2回目以降は自分申請が合理的
「初回は代行で型を学び、2回目以降は自申請」が最も費用対効果の高い補助金活用戦略だ。
本記事の情報は2026年9月時点のものです。補助金の内容・代行費用相場は変動します。最新情報をご確認ください。
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静岡県で倉庫会社を経営しています。年商4億円・従業員30名・創業55年のザ・中小企業です。
大学はアメリカ（カリフォルニア州立大学ノースリッジ校）で運動生理学を専攻して2009年卒業。卒業後は外資系医療機器メーカーで営業職として働いていましたが、14年前に家業に入社。課長・部長・専務取締役を経て、2年前に社長に就任しました。
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