補助金申請は自分でできる？代行に任せるべき？費用対効果を現役社長が比較

「補助金申請って自分でできる？代行に頼むべき？」

「代行を使うと費用はどのくらいかかるの？」

「初めての補助金申請で失敗したくない」

補助金申請を「自分でやるか・代行に任せるか」は、多くの中小企業経営者が迷うポイントです。私は両方を経験しており、それぞれのメリット・デメリットを実感しています。

この記事では、補助金申請の自分申請 vs 代行のどちらが得かを、具体的な費用・採択率・手間の観点から比較します。

この記事でわかること

補助金申請を自分でやる場合

自分で申請できる補助金の種類

比較的自分で申請しやすい補助金：

自分での申請が難しい補助金：

自分で申請する場合の作業時間

私が初めてものづくり補助金を自分で申請したときの作業時間：

経営者の時給を1万円と換算すれば、自分申請の「機会費用」は約20〜30万円になります。

自分申請のメリット

メリット①：代行費用がかからない

代行費用（成功報酬型で補助金額の10〜20%）が不要です。補助金100万円なら10〜20万円の節約になります。

メリット②：自社の強みを最も深く理解できる

申請書を自分で書くことで、「自社の強み・課題・方向性」を改めて整理できます。経営計画の見直しになるという副次効果があります。

メリット③：補助金申請のノウハウが身につく

1回自分で申請すると、次回以降の申請が格段に楽になります。継続的に補助金を活用する予定があるなら、最初の1回は自分でやる価値があります。

自分申請のデメリット

デメリット①：時間がかかる・経営に集中できない

補助金申請の作業に20〜30時間を割かれる間、本業に充てる時間が減ります。

デメリット②：不採択リスクが高い

申請書の書き方に不慣れな場合、同じ設備・事業計画でも採択されにくくなります。

デメリット③：公募要領の読み間違い

補助金の要件・禁止事項を読み間違えて、対象外の費用を計上してしまうミスが起きることがあります。

補助金代行サービスとは

補助金代行サービス（補助金申請代行）は、中小企業診断士・税理士・行政書士などの専門家が補助金申請を代行・サポートするサービスです。

代行サービスの費用相場

例：IT導入補助金（補助額100万円）を代行した場合

補助金額が大きいほど代行費用も大きくなります。

代行サービスを使う場合の採択率

代行サービスを使った場合の採択率は、自分申請より高い傾向があります。

採択率が15〜20%上がることで、補助金額が100万円なら期待値が15〜20万円増えます。

自分申請 vs 代行：費用対効果の比較

ケース①：IT導入補助金（補助額100万円）

この場合、代行の方がわずかに有利（時間節約効果が大きい）。

ケース②：ものづくり補助金（補助額500万円）

補助金額が大きくなるほど、代行の方が期待値が高くなります。

どちらを選ぶべきかの判断基準

自分申請が向いているケース

代行が向いているケース

代行業者を選ぶ際の注意点

業者選びの詳細チェックリスト・料金相場・悪徳業者の手口については → 補助金申請代行の料金相場と悪徳業者の見分け方【5つのチェックポイント】 をご覧ください。ここでは最低限の4点だけ確認してください。

注意①：採択実績を必ず確認する

「採択率90%以上」を謳う業者は、実績の根拠を確認します。採択件数・対象補助金の種類を具体的に聞きます。

注意②：着手金の有無と金額

不採択の場合でも着手金を取る業者があります。「不採択なら全額返金」の成功報酬型かどうかを確認します。

注意③：業者の専門分野

物流業向け・製造業向けなど、自社の業種に強い代行業者を選ぶと採択率が上がります。

注意④：公認の専門家かどうか

中小企業診断士・認定支援機関（商工会・税理士・金融機関等）が関与しているサービスは信頼性が高いです。

よくある質問（FAQ）

Q. 補助金申請を代行してもらうと違法になりますか？

A. 代行自体は違法ではありません。ただし、「行政書士法」の観点から、報酬を得て官公署への書類作成を行うには行政書士資格が必要なケースがあります。中小企業診断士・税理士・行政書士等の資格保有者に依頼することが安全です。

Q. 代行を使っても自分で作業することはありますか？

A. 代行業者によって異なりますが、多くの場合「自社の情報提供・現状ヒアリング」「gBizIDプライムの取得」「書類への捺印・署名」は自社でやる必要があります。

Q. 代行費用は経費に計上できますか？

A. 補助金の申請に関わる専門家への報酬は「外注費」または「専門家費用」として経費計上できます。

まとめ：初回は代行、2回目以降は自分申請が合理的

補助金申請の方針：

IT導入補助金は「IT導入支援事業者」がほぼ全面サポートしてくれるため、実質的には代行に近い形で申請できます。初めての補助金申請はIT導入補助金から始めるのが最も取り組みやすいでしょう。

本記事の情報は2026年5月時点のものです。補助金の内容・代行費用相場は変動します。最新情報をご確認ください。

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カニ社長

静岡県で倉庫会社を経営しています。年商4億円・従業員30名・創業55年のザ・中小企業です。

大学はアメリカ（カリフォルニア州立大学ノースリッジ校）で運動生理学を専攻して2009年卒業。卒業後は外資系医療機器メーカーで営業職として働いていましたが、14年前に家業に入社。課長・部長・専務取締役を経て、2年前に社長に就任しました。

AI活用を始めたのは約3年前。紙・Excel・電話だけで回っていた倉庫業の現場をなんとかしたいと思ったのがきっかけです。それからClaude・ChatGPTを中心に、実際の業務改善で毎日試行錯誤しています。

コンサルでも研究者でもない「普通の中小企業の社長がAIを使ってみたリアル」を発信しています。

モットーは「人生を最大限楽しむ」。好きな言葉は「生きてるだけで丸儲け」。